El algodón se cultiva fundamentalmente para la producción de fibras que constituyen alrededor del 40% del peso del fruto. El resto corresponde a la semilla que se utiliza principalmente en alimentación animal, bien directamente (semilla entera de algodón), bien previa extracción de aceite para el consumo humano (harina de algodón). La extracción se hace generalmente mediante disolventes (hexano), tras separar el grano de la cascarilla y de los restos de borra. El disolvente puede aplicarse de forma directa o previa presión (procedimiento preprensado). Este último es el que permite obtener un producto de mayor calidad, y es el más utilizado en la actualidad. La harina de algodón comercial tiene un contenido en fibra bruta en torno al 16-17%, debido a la adición posterior de cascarilla que contiene un 40% de fibra bruta.

Los principales factores antinutritivos de la harina de algodón son el gosipol y los ácidos grasos ciclopropenoicos. El nivel de gosipol libre es menor en la harina que en la semilla.